Во ВНИИАСе Э. М. Шахова работала ведущим конструктором конструкторско-технологического отдела, проработала в институте более 20 лет (с 1963 по 1983 год).
Под ее руководством и при непосредственном участии разработано и поставлено на производство на электротехнических заводах отрасли большое количество аппаратуры различных систем железнодорожной автоматики. Особенно значимый вклад она внесла в создание аппаратуры электропитания: панелей питания ЭЦ промежуточных и крупных станций, а также входящих в них преобразователей и приборов управления, которые широко эксплуатируются на сети железных дорог и изготавливаются до настоящего времени. К ним относятся: панели ПРП-ЭЦ, ПРПТ-ЭЦ, ПП75-ЭЦ, ПП-ЦАБ, ПВ-ЭЦК, ПР-ЭЦК, ПВП-ЭЦК, ПСТН-ЭЦК, ПП25-ЭЦК, преобразователи ППВ-1, УЗАТ-24-ЗО, РНТ, БСК, РТА1, приборы управления РНП, АДН2, СЗИУ и др.
Э. М. Шаховой созданы основы сборных конструкций панелей питания одностороннего и двухстороннего обслуживания, применяемых до настоящего времени. В преобразователях и приборах управления широко использовались передовые технологии конструирования на полупроводниковых и микроэлектронных элементах.
За вклад в развитие средств железнодорожной автоматики она неоднократно награждалась медалями ВДНХ СССР (ВВЦ).