Вообще, в ХИИТе нам рассказывали немного по-другому, не претендуя, в прочем, на безаппеляционность такого мнения. Якобы когда формировалась структура МПС (ещё в царской России), то службам присваивали телеграфные коды, по первой букве её названия. Так появились: служба Движения - Д, служба пути - П, служба тяги - Т и.т.п. Полномасштабного СЦБ, как такового, в те времена ещё не было, организация движения осуществлялась с помощью телеграфа, и служба называлась "служба Связи". Логично было бы присвоит телеграфный код "С", но в Министерстве Путей сообщения служил на каком -то оч-ч-ч-чень высоком посту чиновник, который букву "С" не выговаривал (шепелявил). И вот, дабы не вводить сие выслокопоставленное лицо в смущение, фактически ему в угоду, "С" заменили на "Ш".
Как по мне - учитывая наш менталитет, достаточно правдоподобно...
Ну, а всё остальное (ШЧ, ШН ...) - это уже производные.