Прикольно, конечно. Это не ваши ли случайно
там порезвились?
Да никак особо не поступить, призвать к здравому смыслу. Этот знак фактически используется как табличка, но юридически - это, тем не менее, предупреждающий знак. Требования к высоте установки указаны в п.5.1.8., и там же написано: "кроме случаев, специально оговоренных настоящим стандартом". В этом же ГОСТе на картинке В.18 ясно показано, что знак должен висеть под головками (но размеры при этом не приведены). Других оговорок по его применению нет (кроме картинки В.18). Предписание ИДПС вроде как правомерно, но обосновано слабовато.
В то же время светофор - типовое заводское изделие, наваривать мачту, чтобы поднять головки на 3,0 м, нельзя. А более "высоких" светофоров завод не выпускает.
Я бы предложил написать официальное письмо от организации в обл.ГИБДД с запросом разъяснения, там подробно описав эту коллизию. Те, скорее всего, напишут "оставить как есть". Этим письмом потом и отмахиваться (ну или приваривать палку и знаки перевешивать, тут уж как повезет).