Думаю, что в данном случае нет никакого противоречия и руководствоваться следует именно приказом ФСТ, как нормативным правовым актом, имеющим юридическую силу. Очевидно, что с момента вступления в силу данного приказа, ОАО "РЖД" обязано руководствоваться приведенными в нем положениями. Вероятно, что т.у. ОАО “РЖД” № ЦФТОАС-7/78 от 23.12.2009 формально утратили свою силу, как противоречащие нормативному правовому акту. Следовательно, ЭТРАН правильно блокирует действия, связанные с оформлением.