Вообще изготовить плату не так сложно как здесь описано, 2-4 часа времени. Это в студенческой общаге, а дома можно и побыстрее. Но тип корпуса для кустарных экспериментов, конечно же, лучше DIP. Еще и через переходную панель. Мне нравился ATmega64.
АТмеги можно прошивать 5 проводами напрямую через COM, прошивочного софта бесплатного буран. Желательно предусмотреть для этого провода "розетку" на плате.
Ассемблер... Ну в целом ничего сложного в нем нет, квинтэссенция состоит в: 1) положить байт в регистр данных порта, 2) положить байт в регистр режима порта 3) скомандовать порту "отправить" 4) профит.
Остальное - счетчики/слипы/режимы/прерывания, пойдет как бы само собой. Хотя если нет опыта в погромировании - даже не знаю. Можно попробовать начать с "бегущих огней" или что-то вроде того.
Для этого на сайтике Атмела лежит бесплатный мощнейший дебаггер со всеми возможными функциями.
Даже вот методички есть.
http://atmega.blog.ru/?attempt=1